Fatih’de Vatan Caddesi ile Halıcılar Caddesinin birleştiği noktada sağ köşe üzerinde bulunmaktadır. Farklı devirlerde inşa edilmiş birbirine bitişik iki kilisesi ve mezar şapelinden oluşan yapı Bizans eseridir. Esası Constantinos Lips Manastırı‘dır. 907 yılında ölen Costantinos Lips tarafından manastırın kilisesi olarak yaptırılıp Meryem’e ithaf edilmiştir.

Bizans imparatorluğu’nun son sülalesi olan Paleologoslar döneminde bazı yeni kiliseler inşa edilmiş, diğerleri ise onarılmıştır. imparator II. Mikhail’in (1261-82) eşi Theodora, 907 tarihli Constantin Lips Manastırı Kilisesinin yanına Vaftizci Yahya’ya adadığı loannes Prodromos Kilisesi (Fenari İsa Camii)’ni inşa ettirmiştir. Yapıda iki kilise bulunmaktadır. Kuzey kilise, Constantinos Lips; güney kilise ise, Theodora tarafından yapılmıştır.

14. yy’da kuzey ve güney kiliseyi batı ve güneyden saran L biçimli paraklesion (bazı kiliselerin bitişiğinde yapılan ek yapı; şapel veya mezar şapeli) eklenmiştir. İçinde yaklaşık 20 adet mermer lahit bulunmaktadır. Yapı II. Bayezid Dönemi’nde 15.yüzyıl sonlarında Osmanlı ulema ailesinden Fenarizadelerden Alaeddin Ali Efendi tarafından camiye çevrilmiş, manastır da zaviyeye dönüştürülmüştür. Molla Fenari İsa Camii’ni mimarlık tarihi açısından önemli kılan özellik ise, Kubbenin dört tarafında, dört küçük şapelin bulunmasıdır. Bu özelliği başka hiçbir Bizans kilisesinde bulmak mümkün değildir.

Osmanlı Devletinin ilk şeyhülislâmı ve büyük velî. İsmi Muhammed olup, babasınınki Hamza'dır. Nisbeleri Rûmî ve Fenârî, lakabı Şemsüddîn'dir. 1350 (H.751) senesinde Fener köyünde doğdu. Bu köyde doğması veya babasının fenercilik sanatıyla meşgûliyetinden dolayı "Fenârî" nisbetiyle meşhur oldu.

Babası Muhammed Hamza, zamânının büyük velîlerindendi. Molla Fenârî küçük yaşta babasından tasavvuf yolunu öğrenmeye başladı. Mevlânâ Alâüddîn Esved, Şeyh Cemâleddîn Aksarâyî, Şeyh Hamîdüddîn-i Kayserî'den ve zamânında bulunan diğer birçok büyük âlimden ders okudu. İlim tahsîli için Mısır'a gidip, orada bulunan meşhûr Hanefî fıkıh âlimi Kemâleddîn-i Bâbertî'den ilim öğrendi.

Molla Fenârî İskender Târihi'ni nazm eden meşhur şâir Ahmedî ve tıpta Şifâ kitabının sâhibi tabîb Hacı Paşa ile birlikte, Mısır'da Ekmeleddîn-i Bâbertî'nin huzûrunda ders arkadaşı idiler. Bir gün bir velîyi ziyârete gitmişlerdi. Bu zât, onlara bakıp, Mevlânâ Ahmedî'ye; "Sen, vaktini şiirde harcarsın." Hacı Paşaya; "Sen ömrünü tıpta harcarsın.", Molla Fenârî'ye ise; "Sen de, din ve dünyâ reisliğini, ilim ve takvâyı birlikte bulundurursun." buyurdu. Gerçekten de, bu zâtın buyurduğu gibi oldu. Din ilimleri yanında fizik, matematik ve astronomi de öğrenenMolla Fenârî, tasavvufta yüksek derecelere kavuştu. İlim tahsîlini tamamladıktan sonra Anadolu'ya dönerek Bursa'ya yerleşti ve talebe yetiştirmeye başladı.

Molla Fenârî, bir ara Bursa'daki hizmetlerini bırakıp Konya'ya gitmişti. Karaman Beyi ona çok iltifat ve ihsânlarda bulundu. Ders okutması için ricâda bulundu. Orada da ders verip talebe yetiştirdi. Burada, Yâkub-i Asfâr ve Yâkûb-i Esved gibi zâtlar ondan istifâde edip, ilimde yüksek dereceye ulaştılar. Molla Fenârî, bu iki talebesiyle dâimâ iftihâr ederdi. Karaman Beyinin kızı Gül Hâtun ile evlenerek, iki oğlu, iki kızı oldu. SonraOsmanlı Sultânının dâveti üzerine tekrar Bursa'ya geldi. Eski hizmetlerine devâm etti. İki oğlu da, kendisi gibi âlim olarak yetişti. Onlar da Bursa'da kâdılık yapmışlardır.